تحلیل و ارزیابی فرهنگستان علوم اسلامی، برای مناسبات تاریخی، تمدنی و اجتماعی، در چارچوب جنگ تمدن‌ها است. این رویکرد؛ عواطف، اندیشه‌ها و رفتار فرهنگستان را هدایت و همسو ساخته است، و برای آن‌ها همچون پارادایمی ایفای نقش می‌کند. این مرکز در حوزه‌ی فلسفه و علم نیز از همین رویکرد تأثیر پذیرفته است و نظام‌های فلسفی و علمی را ابزارهایی برای تحقق اراده و گرایشِ معطوف به حق یا باطل می‌داند، و از این حیث به تلقی فلاسفه قاره‌ای از علم نزدیک می‌شود.
در این مقاله، پس از بررسی تطبیقی نظریه‌ی سید محمد مهدی میرباقری و «ساموئل هانتینگتون»، نشان داده می‌شود که اتخاذ این رویکرد، زمینه‌ی مناسبی برای سیاست‌گذاری علمی و فناوری فراهم می‌آورد؛ درعین حال این موضع از واقع‌گرایی معرفت‌شناختی فاصله می‌گیرد و به نسبی گرایی و عدم انسجام درونی می‌انجامد، که اشکال بزرگی برای یک نظریه است. تلاش برای ارائه‌ی راهکار مناسبی که در قالب آن، بتوان ضمن بهره‌گیری از محاسن نظریه‌ی کنونی فرهنگستان، از معایب آن به دور ماند، اقدامی است که اعضای این مرکز باید مد نظر داشته باشند.